PHPの設定はphp.ini、 httpd.conf、 .htaccessの順に読み込まれ変更可能なら新しい値で上書きされる。

どのレベルで上書き出来ないかはマニュアルのphp.iniディレクティブ参照。

php.iniディレクティブで書かれているものはPHPで決められているもので、別途httpd.confレベルで変更の可否が指定出来る(.htaccessで変更出来ない)。

httpd.confのphp.ini設定で使用出来る値は以下の4つ。

• php_value
• php_flag
• php_admin_value
• php_admin_flag

php_adminが付いた方で指定する事で.htaccessでの変更を制限する。

php_admin_value name value

指定した設定オプションに値を設定します。このディレクティブは、.htaccess ファイルでは利用できません。また、 php_admin_value で設定された設定オプションの値は、.htaccess では上書きできません。 セット済みの値をクリアしたい場合は、none を 値として使用してください。

php_admin_flag name on|off

設定オプションに論理値を設定するために使用します。 このディレクティブは、.htaccess ファイルでは利用できません。 php_admin_value で設定された設定オプションの値は、.htaccess では上書きできません。

PHP: 設定を変更するには – Manual

専用サーバーだと設定する事は少なそうなもののインフラとシステムの構築が分かれたりする場合、この方法で制限を掛けれるので(もちろんApache経由での実行に限る)覚えておくと良いかも